Modele sere mici

SER-287 est une capsule Orale développée à l`aide de la plate-forme de thérapeutique microbiome brevetée de SERES. C`est un candidat thérapeutique de source biologique composé d`une écologie bactérienne complexe et diverse de spores. En plus du SER-287, le pipeline de développement de SERES comprend le SER-301, un produit synthétique conçu rationnellement, composé d`espèces bactériennes cultivées in vitro pour le développement de l`UC et d`autres troubles gastro-intestinaux chroniques avec un besoin médical non satisfait élevé. Calibrage du modèle. L`étalonnage du modèle se concentre sur l`estimation des paramètres en ajustant les simulations générées par le modèle avec des données expérimentales, extraites de la littérature ou directement à partir de laboratoire humide. COPASI fournit une interface utilisateur simple pour le processus d`étalonnage du modèle. La modélisation en biologie a une longue histoire remontant aux années 1970 [11]. Les techniques de modélisation précoce utilisaient une approche réductionniste et les modèles étaient largement basés sur des équations mathématiques. Avec l`introduction de la biologie des systèmes computationnels [12, 13] et l`émergence de technologies de calcul, la biologie computationnelle [14] et les techniques de modélisation [15, 16] ont connu des progrès significatifs, y compris des techniques telles que la modélisation sans équation pour décrivant les systèmes dynamiques [17] à la suite d`une augmentation rapide de la puissance de calcul.

En immunologie computationnelle, le système immunitaire artificiel (AIS) [18, 19] est apparu comme un domaine de recherche indépendant dans plusieurs disciplines, y compris les mathématiques, l`ingénierie, l`informatique et l`immunologie. SER-287 est une thérapie orale en cours de développement comme un traitement potentiel pour l`UC. Le SER-287 est le premier candidat thérapeutique pour le microbiome à atteindre le stade clinique dans une maladie chronique et le premier dans une indication en dehors des maladies infectieuses. SERES a rapporté des résultats positifs de son étude de phase 1b de SER-287 chez les patients atteints d`UC. Les développements futurs dans d`autres formes d`EIA sont à l`étude. Analyses computationnelles. La confirmation diagnostique de la question de savoir si un sujet avait un CD ou non (contrôle) a été effectuée avant les analyses. Les données de séquençage global ont été analysées avec Biopenderie (69), et les données différentielles de ChIP-SEQ ont été analysées avec des répliques dans THOR (70). Le signal d`échantillonnage a été normalisé en fonction des pics des gènes ménagers (EMC7, GPI, PSMB4, RAB7A, VCP, CHMP2A, VPS29). Les pics différentiels entre les CD et les groupes de contrôle avec tous les réplicats ont été détectés à l`aide d`une approche de modèle de Markov caché.

Les gènes ménagers ont été inspectés individuellement afin de s`assurer qu`aucun enrichissement différentiel n`a été détecté. Un enrichissement différentiel significatif a été défini comme Benjamini-Hochberg – corrigé P < 0,05 et pli modifié ≥ 1,75. Pour les analyses GF versus CNV, afin de restreindre les cibles les plus significatives, on a utilisé une valeur de log (P) ≤ 4,5. Les analyses d`enrichissement des voies avec groupement ont été effectuées à l`aide de ClueGo dans le CYTOSCAPE avec un P < 0,05 (71) corrigé du Bonferroni.

Comments are closed, but trackbacks and pingbacks are open.